El sorteo se realizará la primera semana de junio.

Los 22 clasificados de la PRIMERA FASE disputarán la SEGUNDA FASE, a los que se sumarán 10 equipos provenientes de la CONMEBOL Libertadores 2018.
Metodología del Sorteo:

Los equipos serán ubicados en dos bolilleros (1 y 2) conforme a la siguiente distribución:

Bolillero 1: Los 10 equipos procedentes de la CONMEBOL Libertadores, más los 6 equipos de mejor performance de la PRIMERA FASE de la CONMEBOL Sudamericana.

• Banfield, Colón (Argentina)
• Bolivar, Jorge Wilsterman (Bolivia)
• Vasco da Gama, Botafogo (Brasil)
• Dep. Temuco (Chile)
• Junior, Millonarios, Santafe (Colombia)
• El Nacional (Ecuador)
• Sport Huancayo (Perú)
• Peñarol, Atl. Cerro, Defensor Sporting, Nacional (Uruguay)

Bolillero 2: Los 16 equipos restantes clasificados de la PRIMERA FASE de la CONMEBOL Sudamericana.

• Lanús, San Lorenzo, Defensa y Justicia (Argentina)
• Atl. Paranaense, Sao Paulo, Fluminense, Bahia (Brasil)
• Cali (Colombia)
• L.D.U. Quito, Dep. Cuenca (Ecuador)
• Nacional, Sol de America, General Díaz (Paraguay)
• Rampla Juniors, Boston River (Uruguay)
• Caracas (Venezuela)